Gry na lutni uczył się na koszt Samuela Zborowskiego, na służbie którego pozostawał od najmłodszych lat (nazywany był tu „Wojtaszkiem bandurzystą”). W 1574 Zborowski, skazany na banicję za warcholstwo, awanturnictwo i zabójstwo, musiał uchodzić z kraju i osiadł w Siedmiogrodzie. Wojciech znalazł się wówczas w tarapatach i uciekł z dworu Zborowskich ok. 1579. Wstąpił do konwentu bernardynów w Krakowie, gdzie 12 maja 1580 złożył śluby zakonne. Jednak już przed majem 1581 został usunięty z klasztoru za niewłaściwe zachowanie. W 1583 Długoraj został przyjęty do kapeli króla Stefana Batorego. Z niewyjaśnionych powodów szpiegował Samuela Zborowskiego i przejął jego listy pisane do brata Krzysztofa (knuli oni zdradę, pragnęli usunąć króla i osadzić na jego miejsce Habsburga). Listy te następnie przekazał kanclerzowi Janowi Zamoyskiemu. Ze względu na ich treść, Samuel został ścięty, a jego brat skazany na banicję. Później, prawdopodobnie z obawy przed zemstą rodu Zborowskich, Wojciech opuścił Polskę. Wyjechał do Niemiec, resztę życia mógł spędzić w Lipsku i Wittenberdze. Nie jest wykluczone, że w 1590 starał się o przyjęcie na dwór księcia Ludwika w Stuttgarcie. Zmarł po 1619.
Kompozycje Wojciecha Długoraja zachowały się w:
zbiorze muzyki lutniowej Jeana Baptiste Besarda Thesaurus harmonicus (Kolonia 1603) – 1 fantazja, 1 finale i 6 villanell;
rękopiśmiennym dodatku do egzemplarza druku Jeana Baptiste Besarda Thesaurus harmonicus (Biblioteca Universitaria w Genui) – 1 preludium, 1 fantazja i 1 villanella;
rękopiśmiennej Tabulaturze Philippa Hainhofera z ok. 1603-04 (Herzog August Bibliothek w Wolffenbüttel) – Pollnischer Dantz;
rękopiśmiennej tabulaturze lutniowej zwanej Tabulaturą Długoraja z 1619 (Musikbibliothek der Stadt Leipzig) – 1 fuga, 1 fantazja, 2 villanelle, 2 choreae polonicae i 1 wolta; opatrzone są one tylko inicjałami A. D.;
rękopisie z ok. 1591-94 (Biblioteka Uniwersytecka w Bazylei) – Volta Alberti, wersja pierwszej villanelli z druku Besarda Thesaurus harmonicus.
